Line-Gene II Real-Time PCR sistemi Line-Gene modelin geliştirilmiş bir üst modelidir. Gelişmiş optik fiber iletken teknik kullanılarak sistem floresan ışımayı ölçerken yüksek hassasiyet ve güvenilirliğe sahiptir. Aynı zamanda da Line-Gene'nin tüm özelliklerine sahiptir, böylece hızlı ve kesin bir şekilde PCR hesaplamalarını gerçekleştirir. Ek olarak, güçlü bir yazılım ile multiplex (aynı zamanda dört farklı boya okuma) çalışma imkanı sağlar. Test sonuçları gruplar halinde analiz edilebilir ve karşılaştırılabilir, bunun gibi birçok fonksiyon; kesin kantitatif, kıyaslamalı kantitatif, SNP's ve Melting Curve analizi sistemde gerçekleştirilebilmektedir.